Jurnal Geologi Kelautan pertama kali diterbitkan pada tahun 2003 oleh Pusat Penelitian dan Pengembangan Geologi Kelautan, Indonesia. Pada tahun 2006 terakreditasi sebagai majalah ilmiah dengan Peringkat C berdasarkan keputusan Kepala LIPI No. 68/AKRED-LIPI/P2MB/12/2006. Pada Tahun 2009 terakreditasi Peringkat B berdasarkan keputusan Kepala LIPI No. 214/AU1/P2MB/08/2009. Pada Tahuan 2012 terakreditasi Peringkat B berdasarkan keputusan LIPI No. 742/E/2012. Pada tahun 2015 terakreditasi LIPI Nomor: 673/AU3/P2MI-LIPI/07/2015. Berdasarkan keputusan LIPI semua majalah ilmiah terakreditasi LIPI harus diterbitkan secara daring, maka pada tahun 2016 Jurnal Geologi Kelautan di terbitkan secara daring. Sejak Tahun 2018 Jurnal Geologi Kelautan terakreditasi Peringkat 2 dari Kemenristek DIkti Nomor: 21/E/KPT/2018.